El tratamiento de guas residuales en los municipios Serranos es una simulación, el presidente de la comisión de Desarrollo Sustentable en el Congreso del estado Yairo Marina Alcocer detallo que en sesión de la Comisión que preside celebrada en Jalpan de Serra se informo que de las 7 plantas tratadoras de aguas residuales que hay en la sierra, solo una la de Jalpan trabaja al 100%, mientras que el resto se han visto rebasados; «…encontramos que algunas sufren varios problemas, se ven superadas, el aforo o es menor a la capacidad no alcanza a ser eficiente, tienen problemas con el suministro de energía eléctrica, el proceso por falta de energía tarda en regularizar el servicio hasta más de tres semanas…»
Esto indica que el 50% de las aguas residuales llegan sin ser tratadas a los arroyos, ríos y mantos acuíferos, por lo que se buscara recursos para que los municipios puedan tratar sus aguas residuales. «…es momento de dejar de descargar aguas residuales en arroyos poner herramientas a presidentes municipales para que se pueda dar de manera adecuada…».
El diputado Preciso que se trabaja ya en la ley de aguas para el estado de Querétaro que permita regular estas plantas tratadoras con la finalidad de que se trate la mayor cantidad de las guas negras que genera la entidad.